本學系原名生物學系，於民國79年10月9日獲教育部核定准予籌備，於民國80年8月1日成立，為全國第一所設立於醫學系統院校的生物學系。首屆招收一般新生50名，83學年度起增收推薦甄選新生，民國84年第一屆學生畢業。民國88年本校改制為醫學大學，本學系隸屬於生命科學院，92學年度經教育部核准更名為生物醫學暨環境生物學系。民國94年成立碩士班，首度招收碩士班學生5名，民國98年設置學士班學生預修碩士班課程制度，目前每年招收研究生名額已增加到10名，並另有招收外籍生名額1名。

　　本學系申請教育部『強化與東協及南亞國家合作交流以個別學校辦理之計畫」於民國110年9月9日核准成立「資料科學於生物與生醫應用新南向B區博士專班」，預計於111學年度開始招生。